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衰老新数据集重磅出炉!生信分析加上这个经典又热门的方向,不愁拿不下5分+!

2023-08-19 16:59:03      来源:个人图书馆-科研小料君

图五:在小鼠骨和骨髓间充质细胞中,骨髓细胞构成SASP细胞的最大比例,并通过MIF和PECAM1途径与骨系和软骨细胞通信,并显示终末分化的特征。

a我们分析了公开可用的小鼠骨和骨髓基因组,并富集了SenMayo基因组的35,368个细胞;


(相关资料图)

b将前10%衰老/SASP基因表达细胞(n=3537)分配到“SASP细胞”簇。它们显示衰老的典型标志物(包Cdkn1a/p21Cip和Tgfb1)增加;

c细胞的最强相互作用被缩小到软骨细胞,而骨细胞是另一个重要的串扰邻居,数字代表相对相互作用强度作为相互作用权重的总和。边缘权重与相互作用强度成正比,较粗的线表示较强的信号52;

d细胞(粉红色左下角)的外向相互作用模式表明;

e在假时间中,SASP簇在终端分支中最丰富,并且在终端状态下过表达Cdkn1a/p21Cip1(左上嵌体:实线表示表达值作为假时间进度的函数,左侧底部红色,终端分支);

f在它们的末端分化中,SASP簇富集了几个因子,从中提取出不同的共表达模式(Spearman 相关性);

g虽然末端分化以Pappa和Fgf7的同时丢失为标志;

h误差带显示的置信区间水平为0.95。Boxplot最小值是四分差在第25百分位以下1.5倍内的最小值,最大值是四分差在第75百分位以上1.5倍内的最大值。

结论

SenMayo在人类数据集中的开发和验证分析了以前发表的27,28以及未发表的人类全骨活检的转录组全mRNA-seq分析。由于相对较低的表达水平,并没有表现出预测的随着年龄增长而增加。

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