衰老新数据集重磅出炉！生信分析加上这个经典又热门的方向，不愁拿不下5分+！

2023-08-19 16:59:03 来源：个人图书馆-科研小料君

图五：在小鼠骨和骨髓间充质细胞中，骨髓细胞构成SASP细胞的最大比例，并通过MIF和PECAM1途径与骨系和软骨细胞通信，并显示终末分化的特征。

a我们分析了公开可用的小鼠骨和骨髓基因组，并富集了SenMayo基因组的35,368个细胞；

(相关资料图)

b将前10%衰老/SASP基因表达细胞(n=3537)分配到“SASP细胞”簇。它们显示衰老的典型标志物(包Cdkn1a/p21Cip和Tgfb1)增加；

c细胞的最强相互作用被缩小到软骨细胞，而骨细胞是另一个重要的串扰邻居，数字代表相对相互作用强度作为相互作用权重的总和。边缘权重与相互作用强度成正比，较粗的线表示较强的信号52；

d细胞(粉红色左下角)的外向相互作用模式表明；

e在假时间中，SASP簇在终端分支中最丰富，并且在终端状态下过表达Cdkn1a/p21Cip1(左上嵌体：实线表示表达值作为假时间进度的函数，左侧底部红色，终端分支)；

f在它们的末端分化中，SASP簇富集了几个因子，从中提取出不同的共表达模式(Spearman 相关性)；

g虽然末端分化以Pappa和Fgf7的同时丢失为标志；

h误差带显示的置信区间水平为0.95。Boxplot最小值是四分差在第25百分位以下1.5倍内的最小值，最大值是四分差在第75百分位以上1.5倍内的最大值。

结论

SenMayo在人类数据集中的开发和验证分析了以前发表的27,28以及未发表的人类全骨活检的转录组全mRNA-seq分析。由于相对较低的表达水平，并没有表现出预测的随着年龄增长而增加。

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